L'attuazione, il monitoraggio, la certificazione e l'audit del POR Campania FESR 2014-2020 sono affidate a diversi uffici regionali, coordinati tra loro,che colloquiano con il territorio mediante il partenariato economico e sociale.

Tali uffici sono organizzati in Autorità, per la gestione, la certificazione e l'audit del Programma, e in uffici Responsabili di Obiettivo Specifico, cui è affidata la gestione, il monitoraggio e il controllo ordinario delle operazioni previste dalle singole azioni/obiettivi specifici del Programma. 

Le attività degli uffici sono disciplinate da un complesso di procedure, descritte in specifici documenti o manuali:

• Sistema di Gestione e Controllo
• Manuale di attuazione 
• Manuale dei Controlli di I livello
• Manuale di certificazione delle Spese
• Strategia e Manuale di Audit
• Manuale Utente del S.U.R.F. (Sistema Unico Regionale Fondi)

La metodologia e i criteri usati per la selezione delle operazioni da finanziare nell’ambito del Programma Operativo sono definiti nell'ambito dei criteri di selezione.

I risultati più significativi dell'esecuzione del Programma sono raccolti nel Rapporti Annuali d’Esecuzione, che effettuano il bilancio dell’anno, evidenziando lo stato d’attuazione del Programma Operativo.