Le procedure e i meccanismi di attuazione del PO FESR Campania discendono principalmente dagli obblighi individuati dal Regolamento (CE) n. 1303/2013 recante Disposizioni comuni sui Fondi SIE. Per garantire l’efficacia e il corretto conseguimento delle tre linee di intervento prioritarie e degli undici obiettivi tematici individuati in armonia con la strategia Europa 2020, nonché per il corretto funzionamento del Sistema di Gestione e Controllo, il PO FESR della Regione Campania prevede la seguente struttura organizzativa: 

• Autorità di Gestione, è responsabile della gestione e attuazione del PO FESR conformemente al principio di buona e sana gestione amministrativa e finanziaria. Le funzioni sono attribuite alla Direzione Generale Autorità Fondo Europeo di Sviluppo Regionale. 
•  Autorità di Certificazione, è responsabile della corretta certificazione delle spese erogate a valere sui fondi comunitari/statali per l’attuazione del P.O. Le funzioni sono attribuite all’Unità Operativa Dirigenziale (UOD) Tesoreria, bilanci di cassa e autorità di certificazione dei fondi strutturali, individuata con Decreto del Presidente della Giunta n. 76 del 17/03/2016.
•  Autorità di Audit, garantisce il corretto funzionamento del sistema di gestione e controllo del Programma Operativo e svolge le sue attività in posizione di indipendenza funzionale, di giudizio e di valutazione. 

 I diversi Dipartimenti e Direzioni regionali sono invece competenti per materia ad attuare le operazioni. Si tratta, in particolare, dei dirigenti designati quali Responsabili che, con il coordinamento dell’Autorità di Gestione, sono responsabili della gestione ed attuazione delle operazioni afferenti agli Obiettivi/Azioni e svolgono, oltre alle verifiche ordinarie di competenza, le funzioni proprie del Responsabile del Procedimento.

Il PO FESR della Regione Campania individua, poi, una serie di strutture aventi un ruolo nelle attività di avvio, esecuzione, sorveglianza e valutazione del programma: 

• Gruppo di Programmazione con il compito di sovrintendere alle attività di programmazione che si riferiscono all’arco temporale 2014/20, istituito con Delibera della Giunta Regionale n. 142 del 27/05/2013.
• Ufficio Programmazione Unitaria con funzione di presidio dell’unitarietà della programmazione.  Il responsabile, individuato con Decreto del Presidente della Giunta n. 156 del 02/09/2015, è il Vice Capo di Gabinetto e Responsabile della Programmazione Unitaria ed è coadiuvato dagli Uffici di Diretta Collaborazione del Presidente: “Coordinamento dei processi di attuazione della Programmazione Unitaria”, "Implementazione delle tematiche comuni della Programmazione unitaria”, "Attuazione Piano di miglioramento organizzativo - Controllo di gestione strategico e Statistica".
• Nucleo Regionale di Valutazione e verifica degli Investimenti Pubblici (NRVVIP) di cui alla L. n. 144/99, struttura tecnica di supporto alle attività di programmazione e di valutazione svolte istituzionalmente.
• Autorità Ambientale che, coerentemente con gli orientamenti strategici comunitari, i regolamenti europei e i documenti di indirizzo nazionali e regionali, persegue l’orientamento allo sviluppo sostenibile della politica regionale durante il periodo di programmazione 2014-2020. 
• Direzione generale per le politiche sociali, le politiche culturali, le pari opportunità e il tempo libero che definisce e attua le politiche di genere attraverso la diffusione delle condizioni di parità e della cultura delle pari opportunità sul territorio regionale;
• Responsabile del Piano di Rafforzamento Amministrativo;
• Unità per l’Attuazione della Strategia di Comunicazione - U.A.S.C., struttura di supporto all’Autorità di Gestione del POR FESR 2014 – 2020 a cui è affidata l’attuazione della Strategia di Comunicazione, istituita presso la UOD 03 “Assistenza Tecnica e Comunicazione” con Decreto Dirigenziale n. 38 del 01/06/2016.

La descrizione della struttura organizzativa, la definizione delle funzioni degli organismi coinvolti nella gestione e nel controllo e la ripartizione delle funzioni all’interno di ciascun organismo, nonché le procedure atte a garantire la correttezza e la regolarità delle spese dichiarate nell’ambito del Programma Operativo vengono distintamente descritte in un Sistema di Gestione e Controllo (Si.Ge.Co.).
Inoltre, appositi Manuali descrivono dettagliatamente le procedure di Attuazione, di Controllo, di Certificazione, di Audit.

Per sorvegliare e valutare l'attuazione del programma e i progressi compiuti nel conseguimento dei suoi obiettivi, il Regolamento (CE) n. 1303/2013 prevede la creazione di un Comitato di Sorveglianza. La Regione Campania ha istituito il Comitato di Sorveglianza del POR Campania Fesr 2014-2020 con Delibera della Giunta Regionale n. 39 del 02/02/2016, che ne stabilisce anche i componenti. I rappresentanti del Partenariato Regionale Economico e Sociale nel Comitato di Sorveglianza sono stati individuati con successiva nota a firma del Presidente del Partenariato.

E’ riconosciuto inoltre un ruolo importante al Partenariato Economico e Sociale, che garantisce rappresentatività, competenze e capacità di partecipazione attiva in tutte le fasi della Programmazione 2014-2020.Il Partenariato Economico e Sociale è costituito,  con Delibera della Giunta Regionale n. 60 del 15/02/2016,  dalle parti sociali, dai soggetti economici ed istituzionali presenti sul territorio (in allegato alla Delibera i componenti)